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Le microbiote, cet ami mystérieux qui nous veut du bien

Vous en avez certainement entendu parler que ce soit dans les réseaux sociaux, la presse, à la télévision ou auprès de vos amis. Le microbiote, tout le monde en parle et beaucoup se demandent encore ce que c’est, quel est son rôle sur la santé et surtout comment l’influencer. Après mon DU microbiote et santé à la faculté de médecine où de nombreux chercheurs et éminences grises du microbiote sont venus nous en témoigner, je vous livre ici les secrets de notre petit monde intérieur qui nous veut du bien.

Le microbiote intestinal, quesako ?

Notre intestin grêle et notre côlon surtout, abritent quelques 100 000 milliards de bactéries c’est-à-dire que cela représente entre 2 et 10 fois plus que l’ensemble des cellules de notre corps. Et l’ensemble des gênes de notre microbiote est plus important que l’ensemble de notre matériel génétique. Sur votre balance, il pèse environ 2 kg. Cela peut donner le vertige et vous avez raison. Car ce petit monde constitué de bactéries, virus, champignons et d’archées vit en symbiose avec l’hôte (c’est-à-dire, avec nous nous) et est très utile pour notre santé. Sans le savoir, vous abritez majoritairement dans votre côlon, tout un arsenal de petites bêtes qui remplissent différents rôles primordiaux pour votre bonne santé ( oui, aussi vital que les battements de votre cœur)

  • Un rôle métabolique : le microbiote favorise la bonne digestion de certains glucides non digestibles, il absorbe les nutriments, synthétise des vitamines et des acides gras, transforme nos acides biliaires.
  • Un rôle immunitaire : le microbiote participe à la maturation et régule notre système immunitaire général.
  • Un rôle dans l’intégrité de la muqueuse intestinale. Sans nos chères bactéries, point d’imperméabilité des cellules intestinales. Et quand cette imperméabilité est touchée, les entérocytes (ou cellules intestinales) deviennent poreuses laissant alors passer les substances non désirables dans notre sang.

Incroyable, n’est-ce-pas ? En effet, c’est la raison pour laquelle, la médecine mais surtout la recherche se penche aujourd’hui sur ce microbiote et son rôle sur la santé. Ceci a été permis par l’amélioration technique et technologique moderne qui facilite l’étude des bactéries grâce au séquençage de leur ADN.

Pathologies liées à un déséquilibre du microbiote

Aujourd’hui considéré comme un véritable organe doté de fonctions vitales, il intéragit avec d’autres organes comme le foie ou le cerveau et avec les autres systèmes de notre organisme : système immunitaire, système nerveux et digestif. Il serait même corrélé avec le poids, le métabolisme des lipides ou des glucides de notre organisme : en d’autres termes, il a été montré un lien de corrélation entre le microbiote et l’obésité, le surpoids, la satiété, le diabète et les maladies neurodégénératives, la stéatose hépatique ou même les dyslipidémies.

En effet, la recherche étudie l’implication des dysbioses intestinales (ou pour le nommer autrement et simplement : le déséquilibre du microbiote intestinal avec perte des bactéries bénéfiques) serait liées à de nombreuses pathologies comme les Syndrome du côlon irritable (SII), les MICI, les maladies cardiovasculaires, les allergies ou problèmes cutanés…

  • Une alimentation hyperlipidique et glucidique, pauvre en pré et probiotiques, en antioxydants et vitamines. Mais aussi les produits ultra transformés, les pesticides, l’alcool ou les polyols
  • Le stress
  • Les antibiotiques, les antiacides, les statines (les médicaments au sens large)
  • L’inactivité physique et sportive
  • Les infections intestinales

Font le lit des déséquilibres du microbiote intestinal et de nos maladies.

Comment moduler (ou changer) notre microbiote 

Les scientifiques du monde entier s’accordent tous pour dire que l’alimentation est un des moyens les plus puissants pour influencer notre microbiote. Avec une alimentation adaptée, en seulement 4 jours, notre microbiote intestinal commence à changer.

Concrètement, que fait-on ?

On mange des fruits et légumes riches en fructo-oligosaccharides et inuline (oignons, ail, artichaut, poireaux, pommes, poires, etc. etc.), les plus colorés ont l’avantage d’être riches en polyphénols, ce qui permet d’augmenter aussi les lactobacilles et bifidobactéries. En nutrition, nous estimons qu’en 5 et 10g de FOS par jour, nous modulons positivement notre microbiote intestinal.

On mange des céréales riches en amidon résistants et on met au menu aussi souvent que possibles des légumes secs.

On assaisonnement d’huiles végétales riches en oméga 9 et 3 comme l’huile de lin, d’olive ou de colza.

On met dans nos assiettes des produits lactofermentés, source de probiotiques et pour certains d’entre eux de prébiotiques aussi : les légumes lacto-fermentés dont le plus connu est la choucroute (oui mais…sans la charcuterie bien sûr !), mais aussi le soja lacto-fermenté ou bien même le lait kéfir et ribot, les yaourts, le miso, les fromages au lait cru.

Tous ces aliments jouent un rôle démontré sur la variété et la richesse de notre microbiote et réduisent les risques de développer un diabète de type 2 ou des maladies cardio-vasculaires.


Notre microbiote permet aussi une amélioration de la digestibilité des aliments et un renforcement de la synthèse et l’absorption des vitamines.

On a pu démontrer que notre microbiote intestinal jouait un rôle dans notre poids : certaines bactéries nous font prendre ou nous permettent d’augmenter notre satiété !

On bannit le plus possible, les produits industriels qui renferment des additifs, émulsifiants qui sont pro-inflammatoires pour les entérocytes.

On baisse sa consommation d’aliments pauvres en fibres comme les farines blanches quelle soit de riz, de blé ou autres céréales ; on baisse aussi sa consommation de sucre et de mauvais gras qui viennent augmenter la présence de bactéries pro inflammatoires.


Aujourd’hui il est clairement démontré que ces aliments qui font légion dans notre alimentation moderne sont la cause de l’augmentation alarmante partout dans le monde des MICI (Maladie Inflammatoire Chroniques de l’Intestin) ou dans une moindre mesure des troubles digestifs mineurs.

Notre microbiote intestinal est un monde passionnant qui, si on y prend soin, prend aussi soin de notre santé. Ce petit monde merveilleux dont on prend conscience finalement quand notre santé se dégrade et ce qui est réjouissant, c’est que nous avons la possibilité de le moduler par notre alimentation et notre hygiène de vie !

  • Ces conseils ne peuvent se substituer à une consultation avec un professionnel de santé. Les naturopathes ne sont pas des professionnels de santé et ne sont pas recommandés pour les conseils alimentaires ou en thérapeutique.
  • Prendre rdv sur doctolib pour prendre soin de son microbiote ! Ou par téléphone au 06 22 89 46 00.

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